Subordinados a los Ordos Mayores hay varias organizaciones menores, conocidas como Ordenes Menores u Ordos Minoris. Estos Ordos Menores son significativamente más pequeños que los tres Ordos principales, y se formaron para combatir amenazas específicas.
El Ordo Sicarius tiene como tarea investigar y controlar el Officio Assassinorum.
El Ordo Militium tiene el deber de monitorizar los cuerpos militares del Imperio, tales como la Guardia Imperial, la Flota Imperial, el Comisariado, el Adeptus Psicana, el Adeptus Astartes, y junto con el Ordo Hereticus, el Adeptus Sororitas.
El Ordo Sepulturum es uno de los Ordos Menores más pequeños, formado durante la decimotercera Cruzada Negra. Su objetivo es la, relativamente nueva, amenaza de la Plaga Zombi.
El Ordo Obsoletus es otro Ordo dedicado, al parecer, a misterios tales como la aparición de la Legión de los Condenados y las reapariciones de Lord Varlak después de su incineración.(Korsk II, después en Necromunda y en Vanor XXI)
Una quinta orden menor, cuyo nombre es desconocido, desarrolla métodos para limitar la independencia de los Adeptus Astartes. Se fundó durante la Herejía de Horus y ha sido casi olvidada desde entonces.
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