Se cree que la Inquisición fue formada por orden del Emperador de la Humanidad poco antes de su internamiento en el Trono Dorado.
La fundación de la Inquisición está rodeada de misterio y es sujeto de mucho debate. Generalmente se acepta que la Inquisición se estableció en su forma moderna en algún momento del trigésimo segundo milenio, unos ochocientos años después de la Herejía de Horus, aunque sus componentes y aparatos esenciales (las Naves Negras, las “Cazabrujas” de las Hermanas del Silencio, etc.), estaban activos antes de la Herejía. Fuentes recientes (como el Libro de los Thorianos), postulan que la Inquisición tuvo cuatro fundadores principales, que estuvieron activos antes, durante y después de la Gran Cruzada. Antes de que el Emperador dejase Terra para luchar contra Horus, había ordenado a su regente, Malcador el Sigilita, reunir hombres de lealtad y devoción inquebrantables que pudiesen descubrir enemigos ocultos de la humanidad. Malcador presentó a doce de tales individuos al Emperador, ocho de ellos Marines Espaciales (probablemente Nathaniel Garro y otros pocos que habían escapado de sus legiones traidoras). Material actual afirma que estos marines se convirtieron en los primeros miembros de los Caballeros Grises, la cámara militante del Ordo Malleus. Originalmente, sólo había dos órdenes dentro de la Inquisición, pero una tercera (el Ordo Hereticus), fue añadida tras los sucesos de la Era de la Apostasía, para prevenir una futura Plaga de Escepticismo.
Sacado de la Wkihammer y adaptado por Me.